Лицей открыт с 01.09.1992 г. Постановлением Главы администрации г. Томска-7 от 14 .02.1992 г.№ 255 как Городской общеобразовательный лицей, краткое название «Лицей» г. Северска. С 22.08.1996г. – муниципальный общеобразовательный лицей, краткое название «Лицей» г.Северска. С 14.01.2002г. - Муниципальное учреждение Северский общеобразовательный лицей, краткое наименование МУ Лицей г.Северска. С 15.10.2007г.  Муниципальное общеобразовательное учреждение «Северский лицей» г.Северска (краткое наименование МОУ «Северский лицей»).С ноября 2011 года - Муниципальное бюджетное общеобразовательное учреждение "Северский лицей" (краткое название МБОУ "Северский лицей"). С 5 января 1993г. директором лицея был Потрнягин Николай Георгиевич. С 15 августа 2001г. директором Северского лицея является Батраченко Татьяна Владимировна.

Истоки зарождения лицея следует искать не в дате открытия этого необычного для г. Северска учебного заведения, а в зарождении основных принципов его будущей деятельности. В лицее сформирован коллектив единомышленников, целью работы которого является создание оптимального образовательного пространства для учащихся с высокой мотивацией и желанием продолжить свое обучение в высших учебных заведениях. Специфическая особенность лицея – совместная работа ученых-педагогов (ТГУ, ТПУ, СГТА) и учителей.

Главный принцип лицея – вооружить детей прочными научными знаниями, которые помогут им выдержать конкурентную борьбу при поступлении в ВУЗ и выстроить свою жизненную траекторию. В отношениях с учениками утверждались принципы самоуправления, демократизма, сочетания индивидуальной и коллективной работы. Сильной стороной работы лицея было постоянное стремление к созданию содружества учеников и учителей, союза, без которого не может быть эффективной жизнь и учеба в учебном заведении.

Изначально лицей - учебное заведение, альтернативное традиционному, созданное для целенаправленной подготовки учащихся 10-11 классов для поступления в вузы. В 1995 г. в лицее была открыта начальная школа, а затем в 1996 г.- средняя школа. В 2001г. вышло Положение, определяющее лицей как учебное заведение, ориентированное на «обучение, воспитание и обеспечение самоопределения личности в соответствии с углублением и расширением содержания образования по профилям». В настоящее время Северский общеобразовательный лицей - учебное заведение естественно-научной направленности.

Общей ведущей целью деятельности лицея выступает воспитание интеллектуальной элиты общества, субъектов науки и культуры посредством создания условий для обучения, воспитания и допрофессиональной подготовки, а также обеспечения потребностей личности обучающегося в соответствии с углублением содержания образования по профилям.

Частной целью собственно образовательной деятельности лицея выступает обеспечение условий, способствующих полноценному раскрытию и развитию индивидуальных потенциальных и проявленных возможностей и способностей (интеллектуальных, физических, духовных и др.) обучающихся, а также их полной личностной самореализации.

Это осуществляется через:

1) уточнение целей обучения и развития с учетом индивидуальных способностей учащихся;

2) уточнение с учетом углубления требований к подготовке обучающихся соответственно содержания обучения по каждому конкретному предмету, разработку системы требований к знаниям, умениям и навыкам в конкретной предметной области, разработка, уточнение и корректировка критериев оценки, достигаемых на различных этапах обучения, отбор и разработка системы тестов;

3) развитие и совершенствование учебно-материальной базы общеобразовательного учреждения;

4)  обеспечение непрерывной системы профессионального совершенствования педагогических кадров через темы самообразования, профессиональное партнерство, курсы повышения квалификации.